Setelah perkuliahan dan ujian seluruh blok pembelajaran berakhir, akan diselenggarakan Ujian Komprehensif yang meliputi seluruh materi blok 1-5. Ujian komprehensif ini merupakan persyaratan sebelum menempuh seminar proposal. Apabila ujian komprehensif belum dinyatakan lulus, karyasiswa dapat menempuh ujian ulangan. Untuk masa studi di S2 MMR-UGM, maka mulai tahun akademik 2013/2014, masa studi ditetapkan maksimum 6 semester. Apabila studi belum dapat diselesaikan, maka pada semester 7 karyasiswa diminta untuk mengundurkan diri dari program S2 MMR-UGM dan akan memperoleh surat keterangan yang menyatakan bahwa telah menempuh seluruh mata kuliah di MMR-UGM.